※追記(8/16)
弱小エンジニアの小言さんにリニューアル版が出ています。
ミニカスタマイズ25
こちらなら新環境移行後でもツリー化できるようです。※


サイドバーのコメントのツリー化はすんなりできたのに、トラックバックのツリー化が実はだいぶ前にやってみてそのときはうまくいかなかった。
今日あらためてやってみたらすんなりできた。何がおかしかったのかよくわからない。
↓こちらを利用させていただいきました。
弱小エンジニアの小言(ミニカスタマイズ17)
12/7にJavascriptが修正されたからなのか、記事中の「プラグイン2」を直リンク指定したからなのか、「プラグイン1」のファイル保存形式(漢字コード)が当時おかしかったのか。。

3カラム化にしてトラックバック部が「links2」以降にある場合、第5引数が必要なようです。
前にうまくいかなかったのはこのせいだったかな?当時も左サイドにあったと思うのだが、まぁできたからいいや。
※参考※
第1引数: トラックバックのプラグインタイトル
第2引数: トラックバックの前をデザインする文字列
第3引数: 長すぎるタイトルをカットする文字数
第4引数: リンク先の文字列として表示するもの
// 0 : ページタイトル(ブログタイトル)
// 1 : ブログタイトル
// 2 : ページタイトル
第5引数: トラックバックプラグインが存在するサイドバーのID
↓takoashiさんによる例
 trackback_convert_treeview("TB頂きました^^", "", "", "", "links2" );

「"TB頂きました^^"」の部分は自分のところは「最新トラックバック」なのでそれぞれの表記にあわせます。