こちらの記事のコメントにあるkaminogoyaさんの記述内容をベースに、不都合な部分をsmokin'さんの記事を参考にしてMac版IE対策をしてみました。
修正したのは以下の部分


#container{
position: relative;
width: auto;
margin:0 auto 0 auto;
padding: 0;
text-align:left;
}
#content{
position:relative;
margin-top: 0px;
margin-right:200px;
margin-bottom: 0px;
margin-left: 220px;
line-height: 140%;
padding: 0px 20px 50px 20px;
}
#links{
position:absolute;
left:5px;
top:120px;
width:200px;
padding:0;
}
#links2{
position: absolute;
width:200px;
top:120px;
right: 5px;
margin: 0;
padding:0 0 10px;
}


#countainer の width はkaminogayaさんはWINIE対策として「width: 100%;」と書かれていますがこうするとブラウザの幅を狭めたときに少しおかしな動きをするのでautoにしました。
「width: 100%;」のときにブラウザの幅を狭めると途中までは可変的に真ん中のカラムが狭まるのですが途中から右カラムがある位置においてけぼり状態になり真ん中カラムと右カラムの間に空白が入ってしまいます(真ん中カラムは可変で狭まっていきます)。

このwidthをautoにした影響がMac版IEでどう出るか心配です。

#countainer と #content の position プロパティをrelative に、#links と #links2 のそれはabsoluteにしています。

このへんについてはこちらの記事が詳しいです。

それによると position を absolete にした要素は「この要素の祖先要素が position:static 以外の時、要素はその祖先要素から相対的な位置に配置され」る。
だから、#countainer を relative にしておいて中に配置する #link と #links は absolute にすると意図するところにおける。
その際、真ん中のカラム #content は左右を margin であけておく。
そうするとindexテンプレートをいじれなくても標準の順番で見た目が3カラムになる。

どうでしょう?

※追記(2/22)
コメント欄でkaminogoyaさんの書いているユーザビリティとはこちらの記事のコメントにある「#content部分にabsoluteを使ってleftやtopなどの位置指定をするとマウス動作が挙動を起こす可能性がある」のことを指していると思います。
また、以前「kaminogoya」さんを「kaminogaya」さんと誤って記述していました。申し訳ありませんでした。

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Mac版IE対策のリンク集的記事(マサログのトビラver1.00)