livedoorBlogで用意されているテンプレートのうち
 redframe,blueframe,blackframe,greenframe
3カラム化する手順のとおりにやると、BODYのbackgroundで左サイドバーの部分を背景に指定しているので、個別記事にページを切り替えたときに記事本文が左サイドバー領域にかぶってしまうので調整が必要になります。
3カラム化する手順ではブラウザの幅に合わせて真ん中の部分が可変となるやり方になっていますが、可変だとどうしても個別ページにしたときにうまくいかないので幅を固定にします。その際に記事部分をトップページと同じ幅にしないとまたおかしくなるのでそうすると、今度は両サイドが空いててさびしいので、個別記事にもサイドバーを表示する方法とあわせて以下にまとめて記しておきます。
該当部分だけ抽出しておきます。
スタイルシートは以下のとおり。

#container{
position: absolute;  /* relativeではない */
width: 800px;   /* ここで全体幅を固定 */
margin:0 auto 0 auto;
padding: 0;
text-align:left;
}

#content{
position:absolute;  /* relativeではない */
top: 97px;
line-height: 140%;
padding: 0px 10px 50px 10px;
}

#links{
position:absolute;
left:20px;
top:97px;
width:190px;
}

#links2{
position: absolute;
width:190px;
top:97px;
right: 0px;
}
.blog{
width:auto;
padding:0 20px;
margin-right:210px; /* 右サイドバースペース */
margin-left:220px; /* 左サイドバースペース */
text-align:center;
}

#text{
width:300px; /* 個別記事でのコメント記入欄幅 */
height:200px;
}

個別記事にもサイドバーを持ってくるにはHTML編集の個別ページの画面で <div class="blog"> の1行上に <div id="content"> を書きます。

<div id="content">
<div class="blog">

そして<div id="footer"></div> の1行上に以下の文を追加します。並べて書くと

</div>
</div>
<div id="links">
<script language="JavaScript" src="<$BlogUrl$>plugin.js"></script>
</div>

<div id="footer"></div>

参考元記事:地獄変OOさんの記事

links2をフリーメモプラグインで入れておくのをお忘れなく。(3カラム化する手順を参照してください)

また、サイドバーにJavascript配信型サービスを入れているとおかしくなるそうなので地獄変OOさんのこちらの記事やぼくのこちらの記事も参考にしてみてください。

※追記
positionを relativeではなく、absolute にしたのでもしかしたらMac版のIEで見ると崩れるかもしれません。当方にMacがないので確認できませんが、もし崩れたらcountainer の方だけでも relative に戻すと直るかもしれません。 

※追記
真ん中を可変にするには #container の width を
width: 800px; ではなく
width: 100%; とすればできるようです。