もっとも簡単にスクロールバーをつけるだけならスクリプトを囲むdivタグの中で直接スタイルを指定してやればできちゃいます。
たとえばここの右サイドバーにあるBirthdayBloggerはこんな感じ。

<div style="overflow:auto;height:200px;">
<script language="javascript" type="text/javascript" src="http://www.blogpeople.net/display/usr/bb_euc.js"></script>
</div>

heightで高さを調整。

これまでiframe使ったりしたのは独自タグの$PluginList$が1つでJavascriptによって3カラム化していた場合、Javascriptの入れ子状態からくる不都合だったからで、新環境では
<$PluginList_A$><$PluginList_B$>と分かれているのでもしかしたらそんなことしなくても済むかも(だめだったらごめんなさい)。
ただ、BlogPeopleだけロゴマークをスクロールの外だしにするためにはやっぱり3/5の記事を参照してください。